1. Latihan gabungan dengan US Navy pada 2002
KRI Nanggala-402 pernah terlibat dalam latihan gabungan TNI AL-US Navy, CARAT-8/02 yang diadakan pada 27 Mei – 3 Juni 2002.
CARAT (Coorperation Afloat Readiness and Training) adalah bantuan latihan militer Amerika terhadap militer negara sahabat di Asia Tenggara. Latihan CARAT ini berlangsung di perairan Laut Jawa, Selat Bali dan Situbondo.
2. Latihan Operasi Laut Gabungan di Samudera Hindia pada 2004
Dalam Latihan Operasi Laut Gabungan (Latopslagab) XV/04 di Samudera Hindia, tanggal 8 April hingga 2 Mei 2004, KRI Naggala-402 berhasil menenggelamkan eks KRI Rakata, sebuah kapal tunda samudera buatan 1942 dengan torpedo SUT.
3. Tergabung dalam Satuan Tugas Perisai Nusa-15 pada 2015
KRI Nanggala-402 tergabung dalam Satuan Tugas Perisai Nusa-15 melaksanakan Operasi Siaga Tempur Laut meliputi pencegahan atau penangkalan dan penindakan pelanggaran wilayah perairan yuridiksi nasional Indonesia kawasan Timur dalam rangka mendukung Tupok TNI.
Sebagai unsur bawah air yang mempunyai efek tangkal yang sangat tinggi kehadiran KRI Nanggala-402 efektif dalam mendukung operasi siaga tempur di bawah Komando Utama Panglima TNI.