Perlu diketahui bagi para guru madrasah non PNS, bahwa nantinya subsidi gaji tersebut akan dikenai Pajak Penghasilan Psl 21 (PPh 21) sebesar 5% bagi guru yang sudah memiliki NPWP. Lalu untuk guru yang belum memiliki NPWP akan dikenai pajak sebesar 6%.