Walaupun banyak pihak menuduh PKI, banyak yang menduga peristiwa ini sebetulnya adalah rekayasa pemerintah Orde Baru (dan beberapa pelaku Orde Lama).
Baca Juga: 7 Tips Penting agar Anda Panjang Umur, Memasuki Usia 50-an Wajib Kurangi Makanan Ini
Tawaran bantuan dari Belanda
Pada awal konflik Madiun, pemerintah Belanda berpura-pura menawarkan bantuan untuk menumpas pemberontakan tersebut, namun pemerintah Indonesia menolak dengan tegas bantuan itu karena tak mau ada intervensi lagi dari Belanda.
Pimpinan militer Indonesia menduga bahwa Belanda akan memanfaatkan situasi untuk menyerang kekuatan bersenjata Republik Indonesia.
Setelah Proklamasi 17 Agustus 1945
Setelah proklamasi kemerdekaan Indonesia pada 17 Agustus 1945, muncul bermacam organisasi, termasuk sayap kiri dan golongan sosialis.
Organisasi atau partai tersebut antara lain: Pesindo (Pemuda Sosialis Indonesia), Partai Sosialis Indonesia (PSI), yang memiliki kaitan dengan organisasi Kumpulan Percakapan Patuk, yang dikepalai oleh Dayno dari Gunung Kidul, Yogyakarta.
Orang yang ikut dalam kumpulan ini tidak hanya dari kalangan sipil seperti D.N. Aidit dan Syam Kamaruzzaman, melainkan kemudian juga dari kalangan militer dan bahkan beberapa komandan brigade, seperti Kolonel Djoko Soejono, Letkol Soediarto (Komandan Brigade III, Divisi III), Letkol Soeharto (Komandan Brigade X, Divisi III).